Antigo Forte do Junqueiro, mais conhecido por Forte de S. Domingos de Rana, foi mandado edificar em 1645 no reinado de D. João IV por ordem do Conde de Cantanhede, D. António Luís de Menezes, então governador de armas de Cascais, durante as guerras da Restauração, com o objectivo de evitar possíveis desembarques das forças espanholas.
 Mais Tarde após a 1ª invasão napoleónica, o Forte foi ligado à Torre de São Julião da Barra, formando uma linha de defesa perante novas invasões, que permitiria o reembarque dos ingleses em caso de vitória francesa.
  Em 26 de Novembro de 1897, o conselheiro Tomás Ribeiro e o médico Dr. José Joaquim de Almeida obtiveram no Ministério da Guerra a concessão do Forte para a instalação do primeiro sanatório marítimo, destinado ao tratamento de crianças com doenças extra pulmonares (numa primeira fase tubercolose ganglionar).
  A 24 de Agosto de 1902 foi inaugurado o Sanatório Marítimo de Carcavelos, após obras de adaptação financiadas pela benfeitora D. Maria Albina Baracho Encerrabodes, começando a funcionar com lotação para 26 crianças do sexo masculino. Mais tarde, após profundas obras de melhoramento e ampliação, o Sanatório passou a tratar doentes de ambos os sexos.
  Devido à sua localização privilegiada junto às praias de Carcavelos e Parede, com excelente micro-clima para os tratamentos hélio-marítimos, em que a helioterapia se podia praticar durante todo o ano, o Sanatório tornou-se um centro de tratamento de tuberculose óssea de renome.
  Em 22 de dezembro de 1921, o Sanatório Marítimo de Carcavelos passou a denominar-se Sanatório Marítimo Dr. José de Almeida, em homenagem ao seu principal fundador, médico e director do sanatório, e seu grande benfeitor.
  No início da década de 70, com o decréscimo da tuberculose óssea, devido aos progressos da terapêutica e o aparecimento de novos problemas de saúde, a que urgia dar resposta, sentiu-se uma grande necessidade de reconverter camas para doentes de traumatologia, oriundos dos serviços de urgência dos Hospitais Civis de Lisboa.
  Em 1 de Janeiro de 1976, o Sanatório deixa de pertencer ao serviço da Luta Anti-Tubercolosa (ex-SLAT), e é integrado na Direcção geral dos Hospitais, com autonomia própria.
 
Com a progressiva reconversão, a partir dos anos 60, em estabelecimento vocacionado para a traumatologia e ortopedia, a sua designação é alterada em 1982 para Hospital Ortopédico Dr. José de Almeida.